最终达尔文得出结论：“一个人不能过孤单的生活，整天看着自己；老年时依然醉生梦死，没有朋友，没有孩子；不用担心，相信运气，保持留神。”至此，达尔文已经做出最后决定：像艾玛求婚。

　　1939年1月29日，在达尔文被授予英国皇家协会会员的巨大荣誉五天后，达尔文在出生地萨洛普郡举行了婚礼。当天晚上，他们乘坐火车前往位于伦敦中部的棕榈别墅。

　　尽管达尔文事业上也取得了辉煌的成就，与表姐艾玛的婚姻也十分甜蜜，但是结的果却是苦涩的。婚后，艾玛生了6男4女，计10个孩子。然而，没有一个孩子身体健康：两个大女儿未长大就夭折了，三女儿和两个儿子都终身不育，其余的孩子也都被病魔缠身，智力低下。

　　达尔文对此百思不得其解，直到晚年研究植物进化过程中发现，异花授粉的个体比自花授粉的个体，结出的果实又大又多，而且自花授粉的个体非常容易被大自然淘汰。这时他才恍然大悟：大自然讨厌近亲婚姻。这也就是他与表姐婚姻的悲剧所在。