先天性心脏病的预后与其畸形的复杂程度及治疗是否及时有关系。

先天性心脏病的种类很多，目前90%以上的患儿都可以手术治疗。上海新华医院小儿心胸外科近30年共做了近2000例小儿先天性心脏病手术，成功率达91%，年龄最小的是出生仅9天的新生儿。经过多年随访，手术后大多数生长发育正常，有的已经参加了工作，并能从事适当体力劳动。

当然，由于医疗条件和技术等限制，还有一些很复杂的先天性心脏病，目前在国内还不能做手术，或者手术死亡率较高，如大血管转位、单心室畸形、永存动脉干等。还有些病儿由于未能及时治疗，导致心脏或肺部不可恢复的病变，失去了手术机会。因此对先天性心脏病的孩子要早期诊断、早期治疗。